Tới năm 1751, cơ bản các cuộc khởi nghĩa bị dẹp yên, chỉ còn Lê Duy Mật và Hoàng Công Chất dựa vào nơi xa xôi, hiểm yếu vẫn cầm cự được tới đầu thời Trịnh Sâm.

Các cuộc khởi nghĩa bùng phát rầm rộ cuối thời Trịnh Giang, xuất phát từ nỗi bất bình của nhân dân bị bóc lột bần cùng. Tuy nhiên, theo các nhà sử học, sau đó các cuộc khởi nghĩa không có được sự liên hợp cần thiết để đủ sức đánh đổ chính quyền Lê-Trịnh.

Mặc dù giữa các nhóm khởi nghĩa có sự phối hợp, như giữa Lê Duy Mật với Hoàng Công Chất, giữa Hoàng Công Chất và Nguyễn Hữu Cầu, với thủ lĩnh Thành... song đó chỉ là sự liên hợp, nương tựa tức thời, sự hợp tác hành động chứ không phải thống nhất về tổ chức. Giả sử các lực lượng khởi nghĩa hợp nhất tôn Lê Duy Mật làm chủ, bên dưới là các tướng Nguyễn Cừ, Nguyễn Tuyển, Công Chất, Hữu Cầu, Danh Phương... và quân số gần chục vạn người thì chính quyền Lê-Trịnh sẽ gặp phải khó khăn vô cùng lớn, tương tự như sau này Tây Sơn lấy danh nghĩa tôn Nguyễn Phúc Dương để nổi dậy.

Không chỉ Nguyễn Tuyển và Nguyễn Cừ, dường như những người kế tục hai ông là Công Chất và Hữu Cầu và các thủ lĩnh khởi nghĩa khác cùng quá tin vào sấm Trạng Trình (đã đề cập ở trên) để mình được làm "thiên tử" nên không ai muốn đứng dưới ai. Do đó, thực chất các cuộc khởi nghĩa vẫn có tính độc lập và chúa Trịnh, bên cạnh việc điều chỉnh chính sách để giảm bớt gánh nặng cho dân, đã biết cách tận dụng điểm yếu này để tiêu diệt từng cuộc khởi nghĩa. Việc Trịnh Doanh, tại từng thời điểm, cho thủ lĩnh này hay thủ lĩnh khác giảng hoà, phong chức chính là cách chia bó đũa để bẻ từng chiếc.

Lê Duy Mật, hoàng tử con vua Lê, từng đứng ra cầu viện chúa Nguyễn đánh Trịnh nhưng Nguyễn Phúc Khoát từ chối, dù tiềm lực của Đàng Trong lúc đó đã mạnh lên nhiều (đã mở đất tới Nam Bộ). Điều đó càng cho thấy việc "Phù Lê" của họ Nguyễn không có thực mà vẫn chỉ là chiêu bài chính trị để cai trị miền nam.